Desde el comienzo de la obra de restauración del templo, se ha considerado también la necesaria intervención en otros bienes dispuestos en el mismo, como son las imágenes, bronces, maderas, etc. Tampoco se ha dejado de lado una de las piezas más valiosa que el reúne la Basílica de le Inmaculada Concepción: el Órgano.
Se han solicitado distintos presupuestos para llevar delante la recuperación de este instrumento musical, que durante años acompañó las celebraciones litúrgicas y que en más de una oportunidad ha servido para brindar importantes conciertos, que deleitaron a la comunidad toda. Oscar Alberto Tocco, es el último organero que ha revisado el instrumento, y que , después de una pormenorizada evaluación del mismo, produjo un informe de más de 60 páginas, describiendo su estado actual. Se comparte la conclusión final a la que arriba en mencionado profesional:
"El órgano necesita una restauración total con cambio de la consola, instalando una consola nueva de acción electromecánica y dos combinaciones libres elaborada en fábrica y de las partes eléctricas auxiliares como ser cables, magnetos de primarias equipados con protección para los contactos contra arcos voltaicos por descarga de bobinados, panel de conexión principal de trifásica con llave magnética con protección térmica y rectificador. También es necesario un panel de conexión para los secretos, cables de las masas comunes con los fusibles necesarios, en fin, todo el equipamiento que hace segura a una instalación eléctrica de baja tensión en corriente continua.Para esto es necesario proceder a una primera etapa de su restauración, que es la limpieza total para establecer el grado de infestación y recuperabilidad. Durante la misma, se atienden los problemas inmediatos, como son las tareas de restauración primaria y desinsectación que se señalarán en el proyecto.
